Rencontres autour de la bioinformatique à l'Ifremer

Tahiti, le 22 août 2022 – Les rencontres bioinformatiques de l'Ifremer se tiendront pour la première fois à Tahiti, du 29 août au 9 septembre. Trois ingénieurs basés à Brest viendront rencontrer les scientifiques de Polynésie et partager avec eux les avancées de la recherche grâce à la bioinformatique.
 
L'Ifremer, l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, organise du 29 août au 9 septembre, l'édition 2022 des rencontres bioinformatiques de l'Ifremer. La bioinformatique est l'utilisation d'outils et de logiciels informatiques pour traiter et analyser des données biologiques, produites sur le terrain par les ingénieurs, les techniciens et les chercheurs. Aujourd'hui, la bioinformatique est devenue indissociable de la recherche. “C'est un outil indispensable, parce que les données sont de plus en plus nombreuses”, confirme le directeur de l'Ifremer de Vairao, Philippe Moal. Pour leurs travaux de recherche, les scientifiques de Tahiti envoient donc leurs données au service de bioinformatique de l'Ifremer (SeBiMER), composé de cinq ingénieurs et basé à Brest, qui les traite avec l'aide d'un supercalculateur.
 
La création de la cellule de bioinformatique de l'Ifremer remonte à 2010. À l'époque, elle apportait seulement un support technique, une accessibilité au supercalculateur. Le service de bioinformatique de l'Ifremer a vu le jour en février 2019 et ses missions se sont alors élargies. Il mutualise les activités de bioinformatique à l'Ifremer et réalise des activités transversales de bioinformatique (développement de logiciels). Les ingénieurs du service participent également aux travaux de l'équipe de recherche sur la thématique de la bioanalyse et font de l'animation scientifique. “C'est un groupe qui a la capacité de fédérer plusieurs thématiques scientifiques. Donc grâce à eux, des scientifiques qui a priori n'ont pas de raisons particulières de se croiser, vont pouvoir se rencontrer”, explique le directeur de l'Ifremer Tahiti. Ce sera justement le cas à la fin du mois à Tahiti.

En effet, c'est la première fois que les rencontres bioinformatiques de l'Ifremer se tiennent en Polynésie et à cette occasion, trois chercheurs-ingénieurs du SeBiMER de Brest seront accueillis sur le site de Vairao. Ils rencontreront les scientifiques de l'Ifremer Tahiti mais aussi de celui de Nouvelle-Calédonie, ainsi que des chercheurs de l'Institut Louis-Malardé, de l'Université de la Polynésie française et de l'Institut de recherche pour le développement. “C'est tellement peu commun d'avoir des spécialistes de la bioinformatique en Polynésie que j'ai souhaité étendre ce séminaire aux entités de recherche présentes ici au fenua”, souligne Philippe Moal. Trente-cinq personnes assisteront à ces rencontres sur place, auxquelles s'ajouteront une vingtaine de personnes du monde entier par visioconférence. Deux matinées de rencontres sont organisées lundi 29 et mardi 30 août, au cours desquelles les scientifiques pourront discuter et découvrir quelques résultats de différentes études. Ensuite, pendant huit jours, les participants présents sur le site de Tahiti prendront part à quatre formations sur la bioinformatique, pour découvrir les avancées technologiques en la matière.

Lundi 29 août :

• 7h30 : accueil
• 7h40-8h : “Présentation des journées”, Philippe Moal, Vaihiti Teaniniuraitemoana (RMPF, Ifremer Tahiti), Patrick Durand (SeBiMER, Ifremer, Plouzané)
• 8h-8h40 : “Méta-analyses des communautés microbiennes des eaux du lagon aux élevages larvaires de crevettes en lien avec les facteurs environnementaux”, Carolane Giraud (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
• 8h40-9h20 : “Mise en évidence de l'influence du lagon et de lignées microbiennes clés sur le microbiote de l'eau d'élevage des larves de la crevette bleue du Pacifique”, Nolwenn Callac (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
• 9h20-10h : “Metabarcoding et impact de l'aquaculture sur l'environnement” Charlotte Moritz (RMPF, Ifremer Tahiti)
• 10h20-11h00 : “Large-Scale Automatic Feature Selection for Biomarker Discovery in High-Dimensional OMICs Data”, Mickael Leclercq (ADCBL, Université Laval, Canada)
• 11h00-11h30 : “Varier les plaisirs : combiner les approches et les compartiments biologiques pour répondre aux problématiques aquacoles, un exemple chez le Platax orbicularis”, Jérémy Le Luyer (RMPF, Ifremer Tahiti)

 
Mardi 30 août

• 7h30 : accueil
• 7h40-8h : “Sea-Monitor: Une valise de diagnostic génomique pour tous basée sur le séquençage Nanopore”, Germain Chevignon (ASIM, Ifremer La Tremblade)
• 8h-8h40 : “athENA : Gestion des données bioinformatiques selon des pratiques FAIR”, Pauline Auffret (SeBiMER, Ifremer Brest)
• 8h40-9h20 : “Caractérisation du microbiote actif de la crevette Litopenaeus stylirostris”, Valérie Perez (LEAD-NC, Ifremer Nouméa)
• 9h20-10h : “Recherche de gènes candidats de maladies des plantes d'agrumes à partir de transcriptomes de bases de données publiques”, Rodrigo Machado (INTA, Concordia/Argentine)
• 10h20-11h00 : “Actualités bioinfos du SeBiMER”, Patrick Durand (SeBiMER, Ifremer Brest)
• 11h-11h40 : Table ronde, discussion générale sur les activités bioinformatiques
• 11h40 : fin des journées